ターミナルを起動して、下記を入力して実行すると、指定したディレクトリ内のDS_Storeファイルをすべて削除することができました。

sudo find ここに削除したいディレクトリをFinderからドラックアンドドロップ -name ".DS_Store" -depth -exec rm {} \;

はい、すいません。お恥ずかしながら、コマンドの意味はわかっておりません。